Transcript Information: S_Transcript_5312.p1


Annotated TAIR IDAT5G02860.1
Annotated Gene NamePentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
Annotated Gene Symbol(s)
Annotation TypeOrtholog
Chromosome Positionchr5:654102-656561 | Forward length=819
E-Value7.9E-281
Link to Arabidopsis eFP Browser 2.0


Transcripts Per Million


Condition 1: 0 Hour
Replicate 17.0446179740184
Replicate 28.3333137028384
Replicate 310.934315665664
Condition 2: 8 Hour
Replicate 111.851107002865
Replicate 212.709703484179
Replicate 312.373750544687
Condition 3: 24 Hour
Replicate 110.61810126323
Replicate 210.805656293367
Replicate 311.010242294493


Fold Change




FASTA Sequences

Nucleotide Sequence

>S_Transcript_5312.p1 GENE.S_Transcript_5312~~S_Transcript_5312.p1 ORF type:complete len:646 (+),score=129.70,PPR_2|PF13041.2|4.6e+03,PPR_2|PF13041.2|8.8e-06,PPR_2|PF13041.2|2e-11,PPR_2|PF13041.2|1.1e-09,PPR_2|PF13041.2|4.9e-08,PPR_2|PF13041.2|8.2e-14,PPR_2|PF13041.2|1.6e-15,PPR_2|PF13041.2|3.4e-08,PPR_2|PF13041.2|1.8e-08,PPR_2|PF13041.2|7.2e-10,PPR_2|PF13041.2|1.6e-09,PPR_2|PF13041.2|2.4e-10,PPR|PF01535.16|8e+03,PPR|PF01535.16|0.29,PPR|PF01535.16|6.3e-07,PPR|PF01535.16|0.55,PPR|PF01535.16|1.1e-06,PPR|PF01535.16|3.5e-07,PPR|PF01535.16|3e-08,PPR|PF01535.16|1.2e-06,PPR|PF01535.16|0.00026,PPR|PF01535.16|3.7e-06,PPR|PF01535.16|4.2e-06,PPR|PF01535.16|0.00016,PPR|PF01535.16|4.6e+02,PPR_1|PF12854.3|1.3e+02,PPR_1|PF12854.3|0.00024,PPR_1|PF12854.3|0.22,PPR_1|PF12854.3|1.2e-05,PPR_1|PF12854.3|1.9e-08,PPR_1|PF12854.3|3.4e-07,PPR_1|PF12854.3|2e-08,PPR_1|PF12854.3|0.00068,PPR_1|PF12854.3|0.0015,PPR_1|PF12854.3|0.034,PPR_1|PF12854.3|0.0024,PPR_1|PF12854.3|9.9,PPR_3|PF13812.2|5.3e+03,PPR_3|PF13812.2|3.2e-05,PPR_3|PF13812.2|0.11,PPR_3|PF13812.2|0.029,PPR_3|PF13812.2|0.00014,PPR_3|PF13812.2|7.8e-05,PPR_3|PF13812.2|0.00057,PPR_3|PF13812.2|0.0085,PPR_3|PF13812.2|0.15,PPR_3|PF13812.2|6.1e-06,PPR_3|PF13812.2|0.00011,PPR_3|PF13812.2|3.8e+02,ECSIT|PF06239.7|21,ECSIT|PF06239.7|1.7e+02,ECSIT|PF06239.7|22,ECSIT|PF06239.7|2.7e+02,ECSIT|PF06239.7|0.22,ECSIT|PF06239.7|38,ECSIT|PF06239.7|5.9,TPR_14|PF13428.2|3.6,TPR_14|PF13428.2|1.6e+04,TPR_14|PF13428.2|1.9e+02,TPR_14|PF13428.2|1.3e+04,TPR_14|PF13428.2|1.3e+03,TPR_14|PF13428.2|3.9,TPR_14|PF13428.2|3e+03,TPR_14|PF13428.2|2.4e+03 S_Transcript_5312:86-2023(+)
ATGGCGGATAGACTAGCTCTGCCAGTTCTTCTACCTGGTCCTTCACCTTCTAAACCCCCTTTTCAAGACACCCAATTCAATAATATCCAACAATCCCAAACTCACCAATCTTCTTCCTTATCACCATCACTACCCTCTCAAACCCCACTTCTAAAACCTCTTCTTGTACATGACATCCTTCACCAACACAAAAACCAACAAAATCCCCACTTTCTCAGCACAAATCCCCTCAAAAAGACCAAGCCTTCAAACCCATCTGTCTTTCATCTCCCTAAACGACGTCGTCCACTTGGCAAGCACAGAGACCCCAATAGAGGCAAACCCTGGTCCCATCATAGCCTCTCATATCAAGGTCAGCAAATTTTTGATCTTTTGATTGACCCGCATTTTGATTCCTCTGAATTACCTCATATCTTGCTTAAATTGTTTGATAACCATGAGAAAAATGAACTGGGTCTTGGGTTAGAGTCTCTAAATGCTGATATTTTGGGTATAATTAAGGGTTTAGGGTTTTATAGAAAATGTGACTTGGCTTTGTGTGTTTTTAATTGGGCTAGGGATAGGAATGATTATGAAATTTTGTTGGATGGACCTGTTGTTGCTGTCATGATTAGTATCTTAGGTAAAGAGGGTCGGGTATCGGTTGCGGCTTCTTTGATTAATGAGTTGGATAAGGATGGTTTTAATGTGGATGTGTATGCTTATACTGCTATGGTGAGTGCTTGTGCTAGTAATGGGAGGTATAGGGAGGCTTTGACGGTTTTTCGAAAGATGGAGGCAGTGGGTTGTAAGCCTACTTTGATTACTTATAATGTCATTTTGAATGTTTGTGGAAAGATGGGCATGCCTTGGATTAAAGTCACTGAATTAATGGATAATATGAAGAGTGCTGGGATTTCCCCTGATTTGTATACGTATAATACACTTATTAGTTGTTGTCGTCGTGGGTCACTGTATGAGGAAGCGGCTGGTCTTTTCAAGGAAATGAAATTCGCGGGATTTGTGCCTGATAAGGTCACTTATAATGCACTGTTGGATGTGTATGGCAAGTCCCGACATCTCAAAGAAGCAATGAAGGTTCTTCAGGAGATGGAGATTCATGGGTTTGCGCCTAGTGATGTGACTTATAATTCATTGATTTCAGCTTATGCAAGGGATGGTTTGTTAGAGATGGCTATGGAGCTTAAAGCACTAATGATTAAGAAAGGGATCAAGCCTGATGTTTTTACCTACACTACACTCTTTTCTGGATTTGAGAAGGCTGGAAAAGATGATTGTGCAATGAAGGTTTTTGAGGAGATGAGAAGTGCTGGTTGCAAACCCAACACTTGCACCTTTAATGCCCTCATAAAGATGTACGGTAACCGGAGAAAGTTTTCTGAAATGATGAAGACTTTTGGGGAAATGAAGAATTTTGATTGTTCCCCTGATATAGTCACTTGGAACTCTCTCCTAGCTGTGTTTGGGCAGAATGGAATGGATACTGAAGTATCAGGATTGTTCCATGAGATGAAGAGGGCTGGGTTTGTGCCAGAGAGGGATACATTCAACACCTTAATAAGTGCTTACAGTCGATGTGGCTCCTTTGACCAATCAATGGCTATTTATAAGTTGATGCTTGAAGCAGGAGTCACTCCAGATCTTTCAACTTACAATGCAGTTTTAGCTGCATTGGCCCGAGGAGGGCTTTGGGAAAAGTCTGAAGATGTTCTTGCTGAAATGCAAGATAGCCACTGTAAACCTAATGAGTTGAGCTTTTCATGTTTGCTTCATGCTTATGCAAATGGAGATCAGATTGATCGTATGCACGCTCTTGCACAAAAGATTTATTCTGGTGAAATTAAGCTCCATGCTATGCTACTGAAGACCTTAGTTCTTGTCAATAGCAAAACAGACCTTTTATTGGAGACAGAACGAGCTTTTTCTGAGCTAAGGTAG

Click here to download the sequence:
Link to NCBI Nucleotide BLAST

Protein Sequence

>S_Transcript_5312.p1 GENE.S_Transcript_5312~~S_Transcript_5312.p1 ORF type:complete len:646 (+),score=129.70,PPR_2|PF13041.2|4.6e+03,PPR_2|PF13041.2|8.8e-06,PPR_2|PF13041.2|2e-11,PPR_2|PF13041.2|1.1e-09,PPR_2|PF13041.2|4.9e-08,PPR_2|PF13041.2|8.2e-14,PPR_2|PF13041.2|1.6e-15,PPR_2|PF13041.2|3.4e-08,PPR_2|PF13041.2|1.8e-08,PPR_2|PF13041.2|7.2e-10,PPR_2|PF13041.2|1.6e-09,PPR_2|PF13041.2|2.4e-10,PPR|PF01535.16|8e+03,PPR|PF01535.16|0.29,PPR|PF01535.16|6.3e-07,PPR|PF01535.16|0.55,PPR|PF01535.16|1.1e-06,PPR|PF01535.16|3.5e-07,PPR|PF01535.16|3e-08,PPR|PF01535.16|1.2e-06,PPR|PF01535.16|0.00026,PPR|PF01535.16|3.7e-06,PPR|PF01535.16|4.2e-06,PPR|PF01535.16|0.00016,PPR|PF01535.16|4.6e+02,PPR_1|PF12854.3|1.3e+02,PPR_1|PF12854.3|0.00024,PPR_1|PF12854.3|0.22,PPR_1|PF12854.3|1.2e-05,PPR_1|PF12854.3|1.9e-08,PPR_1|PF12854.3|3.4e-07,PPR_1|PF12854.3|2e-08,PPR_1|PF12854.3|0.00068,PPR_1|PF12854.3|0.0015,PPR_1|PF12854.3|0.034,PPR_1|PF12854.3|0.0024,PPR_1|PF12854.3|9.9,PPR_3|PF13812.2|5.3e+03,PPR_3|PF13812.2|3.2e-05,PPR_3|PF13812.2|0.11,PPR_3|PF13812.2|0.029,PPR_3|PF13812.2|0.00014,PPR_3|PF13812.2|7.8e-05,PPR_3|PF13812.2|0.00057,PPR_3|PF13812.2|0.0085,PPR_3|PF13812.2|0.15,PPR_3|PF13812.2|6.1e-06,PPR_3|PF13812.2|0.00011,PPR_3|PF13812.2|3.8e+02,ECSIT|PF06239.7|21,ECSIT|PF06239.7|1.7e+02,ECSIT|PF06239.7|22,ECSIT|PF06239.7|2.7e+02,ECSIT|PF06239.7|0.22,ECSIT|PF06239.7|38,ECSIT|PF06239.7|5.9,TPR_14|PF13428.2|3.6,TPR_14|PF13428.2|1.6e+04,TPR_14|PF13428.2|1.9e+02,TPR_14|PF13428.2|1.3e+04,TPR_14|PF13428.2|1.3e+03,TPR_14|PF13428.2|3.9,TPR_14|PF13428.2|3e+03,TPR_14|PF13428.2|2.4e+03 S_Transcript_5312:86-2023(+)
MADRLALPVLLPGPSPSKPPFQDTQFNNIQQSQTHQSSSLSPSLPSQTPLLKPLLVHDILHQHKNQQNPHFLSTNPLKKTKPSNPSVFHLPKRRRPLGKHRDPNRGKPWSHHSLSYQGQQIFDLLIDPHFDSSELPHILLKLFDNHEKNELGLGLESLNADILGIIKGLGFYRKCDLALCVFNWARDRNDYEILLDGPVVAVMISILGKEGRVSVAASLINELDKDGFNVDVYAYTAMVSACASNGRYREALTVFRKMEAVGCKPTLITYNVILNVCGKMGMPWIKVTELMDNMKSAGISPDLYTYNTLISCCRRGSLYEEAAGLFKEMKFAGFVPDKVTYNALLDVYGKSRHLKEAMKVLQEMEIHGFAPSDVTYNSLISAYARDGLLEMAMELKALMIKKGIKPDVFTYTTLFSGFEKAGKDDCAMKVFEEMRSAGCKPNTCTFNALIKMYGNRRKFSEMMKTFGEMKNFDCSPDIVTWNSLLAVFGQNGMDTEVSGLFHEMKRAGFVPERDTFNTLISAYSRCGSFDQSMAIYKLMLEAGVTPDLSTYNAVLAALARGGLWEKSEDVLAEMQDSHCKPNELSFSCLLHAYANGDQIDRMHALAQKIYSGEIKLHAMLLKTLVLVNSKTDLLLETERAFSELR*

Click here to download the sequence:
Link to NCBI Protein BLAST